Secara umum tujuan ST2013 adalah sebagai berikut:
1) Mendapatkan data statistik pertanian yang lengkap dan akurat supaya diperoleh gambaran yang jelas tentang pertanian di Indonesia.
2) Mendapatkan kerangka sampel (sampling frame) yang dapat dijadikan landasan pengambilan sampel untuk survei-survei di sektor pertanian.
3) Memperoleh berbagai informasi tentang populasi usaha pertanian, rumah tangga petani gurem, jumlah pohon dan ternak, distribusi penguasaan dan pengusahaan lahan menurut golongan luas, dan sebagainya. Hasil pencacahan lengkap ST2013 juga akan digunakan sebagai angka patokan (benchmarks) untuk survei-survei di sektor pertanian.